Gentechnisch veränderte Pflanzen enthalten, neben der für ihre Art typischen DNA, künstlich eingebrachte DNA-Abschnitte. Darauf sind ein oder mehrere Fremd-Gene enthalten. Damit können GV-Pflanzen, auch transgen genannt, nun ein neuartiges Genprodukt, meistens ein Protein, produzieren, das ihnen einen Vorteil gegenüber ihren nicht-transgenen Artgenossen verschafft. Etwa eine erhöhte Trockentoleranz, oder eine für Landwirtschaft, Industrie oder Medizin attraktive Eigenschaft.

Darüber hinaus strebt man manchmal GV-Pflanzen an, in denen ein natürliches, aber unerwünschtes Protein verringert oder nicht mehr vorhanden ist. Auch ein gezieltes Ausschalten lässt sich durch Einschleusen von bestimmten Fremd-DNA-Abschnitten erreichen. Das sogenannte Gene-silencing ist etwa von Nutzen, will man den Reifeprozess von Obst oder Gemüse verzögern. Viele Pflanzengene kommen in verschiedenen Arten vor und unterscheiden sich nur geringfügig. Anti-Matsch-Tomaten wurden durch Ausschalten zweier Reifegene erzielt. Die gleichen Gene kommen in vielen anderen Pflanzenarten (z.B. Banane, Mango) vor, sie sind daher vielversprechende Kandidaten für verzögerte Fruchtreifung.